二代基因測序(next-generation sequencing,NGS)技術(shù),主要應(yīng)用于臨床檢測,如遺傳疾病、實體腫瘤、血液腫瘤、感染性疾病、人類白細(xì)胞抗原分析及非侵襲性產(chǎn)前篩查等。國內(nèi)外有關(guān)學(xué)會已出臺相關(guān)共識與指南以推動其在臨床中的應(yīng)用。
二代基因測序技術(shù)的發(fā)展對測序數(shù)據(jù)的處理分析提出了很高的要求。目前二代基因測序?qū)嶒炇医ㄔO(shè)數(shù)據(jù)分析軟件很多,但是絕大多數(shù)軟件僅能完成單一的分析功能,如何能正確地選擇整合這些軟件已成為迫切需求。CEIDI西遞對于二代基因測序?qū)嶒炇医ㄔO(shè)已經(jīng)有所研究。CEIDI西遞技術(shù)人員開發(fā)設(shè)計了一套基于二代基因測序?qū)S玫膶嶒炇医ㄔO(shè)方案,完美的實驗設(shè)計原理,一站式建設(shè)和規(guī)劃方案,簡化了數(shù)據(jù)分析過程中的人工操作,大大提高了運行效率。
二代測序(NGS)實驗室的布局分區(qū)設(shè)計裝修 | CEIDI西遞
二代測序(NGS)實驗室裝修設(shè)計之布局分區(qū)
1.原則上NGS實驗室應(yīng)當(dāng)分為分區(qū):樣本前處理區(qū)、試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)、樣本制備區(qū)、文庫制備區(qū)、雜交捕獲區(qū)/多重PCR區(qū)域(第一擴(kuò)增區(qū))、文庫擴(kuò)增區(qū)(第二擴(kuò)增區(qū))、文庫檢測與質(zhì)控區(qū)、測序區(qū)、數(shù)據(jù)存貯區(qū)。
2.各工作區(qū)的空氣和人員流向應(yīng)按照《醫(yī)療機構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗實驗室工作導(dǎo)則》的要求來設(shè)計。
3.實際設(shè)計中的布局分區(qū)可根據(jù)實際情況合并,通常由建設(shè)方提出要求,或?qū)嶒炇已b修設(shè)計公司給出建議、由雙方協(xié)商決定。但是在前處理和建庫時,血液樣本應(yīng)與組織樣本分開。
二代測序(NGS)實驗室的建設(shè)要求
1.NGS檢測人員的資質(zhì)要求:
① NGS檢測技術(shù)人員應(yīng)具備臨床病理學(xué)、分子生物學(xué)的相關(guān)專業(yè)大專以上學(xué)歷,并經(jīng)過NGS技術(shù)的理論與技能培訓(xùn)合格。
② 數(shù)據(jù)分析人員應(yīng)具有臨床醫(yī)學(xué)或分子生物學(xué)或遺傳學(xué)知識背景并經(jīng)生物信息學(xué)培訓(xùn)。
③ 最終報告應(yīng)由中級或碩士以上具有病理學(xué)背景、經(jīng)培訓(xùn)合格的本單位執(zhí)業(yè)醫(yī)師或者授權(quán)簽字人(醫(yī)學(xué)博士學(xué)位或高級職稱)審核。
2.NGS檢測試劑及項目要求:
①試劑和測序平臺均應(yīng)選擇中國食品藥品監(jiān)督管理總局(CFDA)認(rèn)可產(chǎn)品。涉及到實驗室自配試劑,應(yīng)該有嚴(yán)格的試劑制備標(biāo)準(zhǔn)操作規(guī)程(SOP),需經(jīng)過臨床實驗室自建項目(LDT)驗證合格才可使用。
② 每個NGS檢測項目在驗證時需要根據(jù)建庫方法、測序平臺和分析工具以及不同的突變類型包括,單堿基突變single nucleotidevariant,SNVs、小片段插入或者缺失(Indels)、基因拷貝數(shù)變異Copynumber variations(CNVs)、染色體結(jié)構(gòu)變異,structuralvariation(SVs)以及不同的樣本類型(如FFPE組織、新鮮組織、全血、胸水等)對特定panel的準(zhǔn)確性、精確性、敏感性、特異性等性能參數(shù)進(jìn)行LDT驗證。
③ 應(yīng)該有經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)品測試的在不同的mutant allele frequencies(MAF)下,不同測序深度的靈敏度及特異性數(shù)據(jù),確定不同樣本的可信的測序深度。經(jīng)驗證后,SOP發(fā)生的任何改動,包括試劑、儀器、基因項目等都需要重新做驗證。驗證實驗結(jié)果簽名留底備案。
3.NGS檢測實驗室的質(zhì)量管理要求:NGS檢測主要包括實驗操作和生物信息學(xué)分析兩部分。實驗操作部分包括樣本準(zhǔn)備、文庫制備、編碼(barcoding)、目標(biāo)區(qū)域富集、測序等;生物信息學(xué)分析部分包括定位(mapping)、比對、變異識別、變異注釋、變異解讀及報告等。上述流程均需要建立實驗室質(zhì)量管理體系文件和SOP及機器運行和維護(hù)SOP,具有嚴(yán)格的室內(nèi)質(zhì)控措施;定期參加室間質(zhì)評以有及持續(xù)的質(zhì)量保證和改進(jìn)計劃。
二代測序(NGS)實驗室的布局分區(qū)設(shè)計裝修 | CEIDI西遞